Castellare un miglio toscano da Armajolo, di cui si ritrova qualche rara menzione nelle cronache e scritture antiche di Siena. Ebbe nome probabilmente da un conte Baroti della Scialenga, che fu camarlingo del Comune di Siena nel 1163, e intorno alla qual epoca trovasi nominato lo stesso conte in varie carte dell'Abbazia della Berardenga.
Le storie rammentano Castiglion Baroti all'anno 1208, a cagione di un'escursione fatta dai Fiorentini nel contado senese, quando quell'oste arse il castello di Valcortese, e occupò Torre a Castello, Monte SS. Marie, Campigliola, Castiglion Baroto con altre bicocche. (MALAVOLTI, e TOMMASI. Stor. di Siena) Riferisce pure a Castiglion Baroti una deliberazione del consiglio della Campana del 1271, quando il Comune di Siena ordinò l'istituzione di un rettore o potestà per i comunelli di Castiglion Baroto, Torre a Castello, Modanella, S. Gimignanello. – Vedere CASTELLO (TORRE a).
Castiglion Baroti era uno dei comunelli che il regolamento economico del 2 giugno 1777 aggregò alla nuova comunità di Rapolano col suo popolo di S. Michele di Castiglione del piviere di S. Vettorio. – Vedere RAPOLANO, Comunità.
La parrocchia di Castiglion Baroti nel 1640 noverava 53 abitanti.