– Casale che dà il titolo alla parrocchia di S. Agata alla Villa della Fratta nel piviere di S. Eusebio a Cegliolo, Comunità Giurisdizione e Diocesi di Cortona, da cui è circa 3 miglia toscane a ponente-libeccio, Compartimento di Arezzo. – Giace in pianura fra il rio di Loreto e il torrente Esse di Cortona, alla sinistra della strada comunitativa, la quale staccasi dalla R. perugina a S. Eusebio per avviarsi di là verso il Chiuso di Cortona, alla Fraticciuola e a Farneta.
Questa villa della Fratta faceva parte della contea di Cegliolo, per cui si disse la Fratta de'Conti , cioè de'conti Bandinucci; comecchè nel secolo XIV vi possedesse una gran tenuta, il conte Betto del conte Guglielmo de'Guidi di Modigliana marito di Donna Tescia; la qual tenuta alienò in parte con istrumento del 2 aprile 1347, a un figlio di Orlando Griffoli di Cortona. Ma la maggior porzione dello stesso possesso fu venduta, per atto del 14 agosto 1376, da Benedetto terzo vescovo di Cortona, per la somma di lire 1481 di mon. cortonese, in esecuzione del testamento del prenominato conte Betto, e per volontà di Gherardo suo figlio. Consisteva il possesso della Fratta de'Conti in un palazzo, e in un minore casamento con terre, vigne ed altri annessi, il tutto situato nella villa di Cegliolo. (ARCH. DIPL. FIOR., Carte di S. Chiara di Cortona). – Vedere CEGLIOLO.
La chiesa parrocchiale di S. Agata alla Villa della Fratta fu di giuspadronato de'conti Bandinucci fino all'ultimo fiato, che fu la contessa Maddalena, maritata verso il 1400 a Mess. Giovanni di Tommaso della Boscia, da cui derivò la nobil famiglia cortonese de'Tommasi. Quindi è che pervenne in quest'ultima casa la metà del padronato di detta chiesa, e per un’altra metà nelle monache di S.
Trinità, dove eransi ritirate nel 1439 due nipoti ed eredi del conte Cristofano Bandinucci.
La parrocchia di S. Agata alla Villa della Fratta nel 1833 contava 594 abitanti.